一時之間，iPS的安全問題引起了很大的爭議，也成為了研究者們關注的焦點。不過在隨后發表的一些研究中，人們獲得了相互抵觸的結論，似乎有些iPSC衍生細胞并未受到免疫排斥。舉例來說，日本國立放射學研究所的研究人員讓iPSC和ESC分別與小鼠胚胎融合，使其發育成為嵌合體小鼠。隨后他們將這些小鼠的皮膚和骨髓移植到基因相同的小鼠體內，但并未發現任何強烈的免疫應答。此外，波士頓大學醫學院的研究人員用小鼠iPSC分化為三種不同的細胞系，這些細胞移植到基因相同的小鼠中，也沒有觸發強烈的免疫應答。

    為了明確自體hiPSC（人類iPSC）的免疫原性，徐洋教授*研究團隊構建了一個更有力的研究模型。他們在小鼠體內建立了功能性的人類免疫系統，并在這種人源化小鼠模型（Hu-mice）中分析了自體hiPSC衍生細胞的免疫原性。

    研究顯示，自體非整合型hiPSC形成的絕大多數畸胎瘤，存在抗原特異性T細胞的局部浸潤，相關組織也出現了壞死。這說明hiPSC衍生細胞的確可以引發免疫排斥。

    進一步研究表明，自體hiPSC衍生出的平滑肌細胞（SMC）表現出高度的免疫原性，而自體hiPSC衍生出的視網膜色素上皮細胞（RPE）是免疫耐受的。這些RPE細胞在眼睛以外的區域也不會受到免疫排斥。

    研究人員指出，hiPSC衍生細胞的免疫原性差異，可能和免疫原性抗原有關。hiPSC衍生的SMC存在免疫原性抗原的異常表達，而hiPSC衍生的RPE卻沒有這個問題。用hiPSC衍生的RPE來治療黃斑變性是*可行的。