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BioIT解決方案

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  • 型號(hào)
  • 品牌
  • 所在地上海
  • 更新時(shí)間2023-08-04
  • 廠商性質(zhì)經(jīng)銷(xiāo)商
  • 入駐年限2
  • 實(shí)名認(rèn)證已認(rèn)證
  • 產(chǎn)品數(shù)量839
  • 人氣值27531
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上海澤泉科技股份有限公司(Zealquest Scientific Technology Co., Ltd.)成立于2000年,是一家專注于科研設(shè)備研發(fā)、系統(tǒng)集成、技術(shù)推廣、咨詢、銷(xiāo)售和科研服務(wù)的科技型技術(shù)企業(yè)。公司注冊(cè)資金3500萬(wàn)元人民幣,具有進(jìn)出口貿(mào)易權(quán)。


公司總部位于上海浦西,在北京設(shè)有分公司,在廣州、成都、武漢分別設(shè)有代表處。公司全體員工均具有高等教育背景,其中80%的技術(shù)研發(fā)、技術(shù)支持和銷(xiāo)售人員具有碩士和博士學(xué)位,參加過(guò)很多國(guó)家和省部級(jí)重大科研項(xiàng)目,具有豐富的科研工作經(jīng)驗(yàn)。公司曾獲得上海市高新技術(shù)企業(yè)、上海市普陀區(qū)科技小巨人企業(yè)、上海市科技型企業(yè)中華全國(guó)工商聯(lián)合會(huì)/上海市工商聯(lián)合會(huì)/上海市商會(huì)會(huì)員單位,曾是上海市專業(yè)技術(shù)服務(wù)平臺(tái)——生理生態(tài)測(cè)量與分析平臺(tái)的依托單位和上海市高新技術(shù)成果轉(zhuǎn)化項(xiàng)目承擔(dān)單位。2012年公司通過(guò)了ISO9001質(zhì)量管理體系認(rèn)證,獲得三A信用資質(zhì)等級(jí)認(rèn)定,獲得普陀區(qū)科技小巨人企業(yè)認(rèn)定,成為上海市研發(fā)公共服務(wù)平臺(tái)加盟單位和“上海市工商聯(lián)合會(huì)”/“上海市商會(huì)”會(huì)員單位 。2015年獲得“專精特新”中小企業(yè)認(rèn)定。2016年成為“上海市生態(tài)學(xué)學(xué)會(huì)常務(wù)理事單位”和“上海種子行業(yè)協(xié)會(huì)”會(huì)員單位,2017年成為“上海市農(nóng)業(yè)工程學(xué)會(huì)理事單位”。


上海澤泉科技股份有限公司非常注重自主知識(shí)產(chǎn)權(quán)的申報(bào)和保護(hù),公司及子公司上海乾菲諾農(nóng)業(yè)科技有限公司截止2024年底已獲得發(fā)明8項(xiàng)、實(shí)用新型54項(xiàng)及軟件著作9項(xiàng),國(guó)內(nèi)外科研期刊發(fā)表科研論文20多篇。公司還參與承擔(dān)了國(guó)家自然科學(xué)基金重點(diǎn)項(xiàng)目(41030529)和水利部948項(xiàng)目(200907)。


公司秉承推進(jìn)中國(guó)生態(tài)環(huán)境改善、科技興國(guó)的理念,服務(wù)涉及機(jī)器人與人工智能應(yīng)用,生命科學(xué)多組學(xué)研究,植物表型與植物生理生態(tài)、生物育種技術(shù)平臺(tái)建設(shè);土壤、環(huán)境氣象、水文水利與海洋等領(lǐng)域的新技術(shù)資訊和產(chǎn)品解決方案,服務(wù)對(duì)象主要為各級(jí)科研單位、高校和政府機(jī)構(gòu)。公司先后為科技部“973”項(xiàng)目和“863”項(xiàng)目、國(guó)家科技重大專項(xiàng)、國(guó)家科技支撐計(jì)劃、國(guó)家“211”工程和“985”工程、中科院知識(shí)創(chuàng)新工程、農(nóng)業(yè)部“948”項(xiàng)目、水利部“948”項(xiàng)目等提供技術(shù)咨詢、儀器設(shè)備、系統(tǒng)解決方案和系統(tǒng)集成服務(wù),為項(xiàng)目的順利完成提供了有力支持。


多年來(lái),公司積極參與相關(guān)領(lǐng)域的學(xué)術(shù)會(huì)議,并定期舉辦相關(guān)儀器設(shè)備的技術(shù)講座和培訓(xùn)班,在科研和監(jiān)測(cè)領(lǐng)域產(chǎn)生了積極的反響,獲得了良好的口碑。截止2024年底,澤泉科技舉辦公開(kāi)技術(shù)講座275多場(chǎng),參會(huì)人員超過(guò)15000人次;同時(shí)在國(guó)內(nèi)外應(yīng)邀參加學(xué)術(shù)會(huì)議和展會(huì)296多次,與相關(guān)領(lǐng)域的客戶有非常密切的交流合作。


2014年2月,上海澤泉科技股份有限公司在上海浦東孫橋現(xiàn)代農(nóng)業(yè)園區(qū)投資成立了上海乾菲諾農(nóng)業(yè)科技有限公司,建設(shè)了AgriPhenoTM “高通量植物基因型-表型-育種服務(wù)平臺(tái)”,為植物科研和育種單位提供全面的樣品收集和栽培,實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)和項(xiàng)目合作,以及表型數(shù)據(jù)與生物信息學(xué)分析綜合服務(wù)。平臺(tái)成功主持了上海張江國(guó)家自主創(chuàng)新示范區(qū)專項(xiàng)發(fā)展資金重點(diǎn)項(xiàng)目“澤泉科技高通量植物基因型-表型-育種服務(wù)平臺(tái)”。作為主持單位或合作單位參與了上海市農(nóng)委和科委的30多項(xiàng)政府科研服務(wù)項(xiàng)目以及商業(yè)服務(wù)項(xiàng)目,如科技興農(nóng)種業(yè)發(fā)展項(xiàng)目“農(nóng)作物分子育種的技術(shù)創(chuàng)新研究”和“青菜高通量表型圖譜標(biāo)準(zhǔn)的建立及主要性狀分析”、科技興農(nóng)重點(diǎn)攻關(guān)項(xiàng)目“基于圖像分析及三維建模技術(shù)的黃瓜長(zhǎng)勢(shì)快速評(píng)價(jià)方法研究”、 “蘭科觀賞花卉分子育種技術(shù)研究與產(chǎn)業(yè)化應(yīng)用”等。為了緊追世界科技發(fā)展水平,開(kāi)啟院企合作建立研究型平臺(tái)的創(chuàng)新嘗試,上海澤泉科技股份有限公司與上海市農(nóng)業(yè)科學(xué)院,結(jié)合雙方各自的優(yōu)勢(shì),于2021年5月在上海農(nóng)業(yè)科學(xué)院莊行試驗(yàn)站聯(lián)合成立“上海市農(nóng)業(yè)科學(xué)院莊行綜合試驗(yàn)站澤泉科技植物表型技術(shù)研究平臺(tái)”,AgriPhenoTM平臺(tái)從上海浦東孫橋現(xiàn)代農(nóng)業(yè)園區(qū)整體遷出,并入新建的植物表型技術(shù)研究平臺(tái)。目前平臺(tái)除擁有無(wú)人機(jī)表型平臺(tái)、溫室型和實(shí)驗(yàn)室型高通量表型分析系統(tǒng)外,還擁有現(xiàn)代化溫室、生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室、植物生理生態(tài)測(cè)量設(shè)備、農(nóng)業(yè)氣象測(cè)量系統(tǒng)和專業(yè)的數(shù)據(jù)庫(kù)平臺(tái),已經(jīng)具備了對(duì)植物、動(dòng)物基因測(cè)序與植物表型研究的各類(lèi)條件。可以承擔(dān)高通量DNA提取、基因測(cè)序服務(wù)、分子輔助育種、植物生理生態(tài)研究等科研實(shí)驗(yàn)任務(wù)。同時(shí)可以為植物功能基因組、農(nóng)業(yè)育種家提供高通量植物基因型測(cè)試、高通量植物表型測(cè)試和植物基因型-表型生物信息學(xué)數(shù)據(jù)分析等開(kāi)放式服務(wù)。


近年來(lái),隨著“生物技術(shù)+人工智能+大數(shù)據(jù)、信息技術(shù)”為特征的第四次種業(yè)科技革命不斷孕育,國(guó)際大型種業(yè)公司規(guī)模不斷擴(kuò)大,種業(yè)市場(chǎng)集中度持續(xù)提高。生物育種是種業(yè)創(chuàng)新的核心,構(gòu)建現(xiàn)代生物育種創(chuàng)新體系,強(qiáng)化種質(zhì)資源深度挖掘,突破前沿育種關(guān)鍵技術(shù),培育戰(zhàn)略性新品種,實(shí)現(xiàn)種業(yè)科技自強(qiáng)自立,是解決種源要害、打贏種業(yè)翻身仗的關(guān)鍵,也是牢牢把握住糧食安全主動(dòng)權(quán)的根本保障。在這個(gè)大背景下,2022年9月,北大荒墾豐種業(yè)、上海澤泉科技聯(lián)合成立北大荒墾豐種業(yè)-澤泉科技生物技術(shù)與表型服務(wù)中心(KA-BPSC),集中優(yōu)勢(shì)資源、整合集體力量,為解決種業(yè)種源“卡脖子”技術(shù)難題,打贏種業(yè)翻身仗貢獻(xiàn)力量。


展望未來(lái),上海澤泉科技股份有限公司希望在社會(huì)多方資源的支持和關(guān)懷下,不斷提升自己,為社會(huì)提供更多、更優(yōu)秀的產(chǎn)品和服務(wù)!


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BioIT解決方案 產(chǎn)品詳情

n  慧算生物信息平臺(tái)整體解決方案

慧算生物為生命科學(xué)相關(guān)科研機(jī)構(gòu)、基因測(cè)序公司等用戶提供專業(yè)的生物信息平臺(tái)的軟硬件一體化解決方案,目的是為客戶提供無(wú)憂后臺(tái)支撐,使科研工作者和相關(guān)公司聚焦其核心業(yè)務(wù)。

該整體解決方案,是為客戶提供定制化的軟硬件系統(tǒng)集成服務(wù),既包括了服務(wù)器、存儲(chǔ)、網(wǎng)絡(luò)、文件系統(tǒng)、操作系統(tǒng)、集群管理軟件等IT基礎(chǔ)設(shè)施;也包括了全基因組、全外顯子、轉(zhuǎn)錄組等各種多樣化的生物信息數(shù)據(jù)分析流程的搭建;提供從軟件到硬件的全系統(tǒng)維護(hù);提供在云端的“慧算生物信息云”服務(wù);為復(fù)雜的高級(jí)定制數(shù)據(jù)分析提供外包服務(wù);并依托“慧算生物信息學(xué)院”提供集中式或定制化培訓(xùn)服務(wù)以及考試認(rèn)證;另外,慧算還提供相關(guān)的知識(shí)庫(kù)、數(shù)據(jù)庫(kù)等。


n  高性能計(jì)算與海量存儲(chǔ)系統(tǒng)

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應(yīng)用場(chǎng)景一:測(cè)序儀配套高性能計(jì)算和存儲(chǔ)系統(tǒng)

    針對(duì)Illumina 大型測(cè)序儀提供海量的并行文件存儲(chǔ)系統(tǒng)和適當(dāng)規(guī)模的高性能計(jì)算系統(tǒng)。目前通量(雙流動(dòng)槽)的一套測(cè)序系統(tǒng)三天一輪能產(chǎn)生約18T的堿基數(shù)據(jù)。


基因測(cè)序與分析一般包含三大階段:

階段一:Illumina 測(cè)序儀采集數(shù)據(jù)并經(jīng)過(guò)處理后產(chǎn)生fastq格式原始文件;

階段二:Tophat/BWA/Bowtie等軟件讀取fastq格式文件及人類(lèi)參考基因組索引,經(jīng)過(guò)序列比對(duì)生成BAM格式文件;

階段三:GATK/samtools等軟件或其他基因分析類(lèi)軟件如Manta/Varsand等基因結(jié)構(gòu)變異檢測(cè)軟件、CNVnator基因拷貝數(shù)變異檢測(cè)軟件等讀取序列比對(duì)后的BAM文件,最終進(jìn)過(guò)分析處理生成VCF格式文件。

需要PB級(jí)的大規(guī)模橫向擴(kuò)展能力和并行文件系統(tǒng)存儲(chǔ)設(shè)備,以及數(shù)十個(gè)高性能計(jì)算的節(jié)點(diǎn)。一方面滿足測(cè)序儀大量fastq文件存儲(chǔ)需求,另一方面滿足生物信息數(shù)據(jù)分析的計(jì)算資源和存儲(chǔ)資源需求。

 

應(yīng)用場(chǎng)景二:De novo組裝分析

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De novo組裝分析包括三個(gè)階段:

階段一:測(cè)序儀采集數(shù)據(jù)并經(jīng)過(guò)處理后產(chǎn)生fastq格式原始文件;

階段二:對(duì) fastq格式文件進(jìn)行質(zhì)量控制,并經(jīng)過(guò)序列拼接生成contig/ scaffold拼接結(jié)果文件;

階段三:Glimmer等預(yù)測(cè)軟件對(duì)contig進(jìn)行基因預(yù)測(cè)并對(duì)預(yù)測(cè)的基因進(jìn)行功能注釋。

 

n 搭建生物信息分析流程  

高通量測(cè)序數(shù)據(jù)金標(biāo)準(zhǔn)分析流程 + 定制化分析流程

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l  預(yù)置三大類(lèi)共九套高通量測(cè)序數(shù)據(jù)金標(biāo)準(zhǔn)分析流程,滿足絕大多數(shù)測(cè)序項(xiàng)目的分析需求

l  提供數(shù)據(jù)分析軟件及數(shù)據(jù)庫(kù)的定期維護(hù)和升級(jí)

l  提供生物信息人員遠(yuǎn)程指導(dǎo)及到場(chǎng)培訓(xùn)

l  提供特殊分析流程定制和布置服務(wù)

基因組工作流整合了一些分析軟件和相關(guān)生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù),把原始序列數(shù)據(jù)(fastq)處理為變型(VCF)數(shù)據(jù)。每個(gè)框表示一個(gè)分析模塊,由集成的基因組分析軟件組成,如數(shù)據(jù)質(zhì)量控制、序列比對(duì)、變異提取和變異注釋分析等模塊。這些模塊自身可作為獨(dú)立工作流被使用,也可以按照邏輯關(guān)系被連接到一個(gè)更大的工作流中。

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基因組工作流展示


 

 

 

高度集成各類(lèi)生物學(xué)軟件及數(shù)據(jù)庫(kù)

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